pca.knit

class: clear
background-image: url(fig/Slide1.PNG)
background-size: 990px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide2.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide3.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide4.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide5.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide6.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide7.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide8.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide9.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide10.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide11.PNG)
background-size: 850px

---
class: clear
background-image: url(fig/Slide12.PNG)
background-size: 850px

---
# PCA no R

## Instalar os pacotes necessários a execução da PCA

```r
install.packages("vegan")
install.packages("ggfortify")
install.packages("psych")
install.packages("MVN")
install.packages("tidyverse")
intall.packages("kableExtra")
intall.packages("GGally")
```

## Carregando os pacotes

```r
library(vegan)
library(ggfortify)
library(psych)
library(MVN)
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(GGally)
```

---
# PCA no R

## Abrir o banco de dados

```r
## Abrir a base de dados
dados = read.csv2("PCA.csv", sep=",", 
                  dec=".", header=TRUE, 
                  strip.white=TRUE)

## Dados sem a linha nominal
dados1 = dados[,-1]
attach(dados)
dados1
```

<table class=" lightable-classic" style="font-family: Cambria; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:right;"> Temperatura </th>
   <th style="text-align:right;"> pH </th>
   <th style="text-align:right;"> Potêncial.de.oxirredução </th>
   <th style="text-align:right;"> Turbidez </th>
   <th style="text-align:right;"> Oxigênio.dissolvido </th>
   <th style="text-align:right;"> Espécie.A </th>
   <th style="text-align:right;"> Espécie.B </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 213 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.60 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.03 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 143 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 311 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11.84 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 347 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 19.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 246 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 365 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.46 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.77 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> 89 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.60 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> 64 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 123 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 264 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> 167 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12.74 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 17.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 156 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.84 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 20.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> 116 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.73 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 21.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 141 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 19.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 238 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.02 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 18.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 245 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.06 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.76 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 21.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 301 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.49 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 21.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 299 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 22.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 100 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6.44 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.87 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 21.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 95 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12.71 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 20.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 20.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 130 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.76 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 20.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 92 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.05 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 133 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.01 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.81 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 25.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.60 </td>
   <td style="text-align:right;"> 150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.27 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 24.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 239 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26.60 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.63 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 23.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 197 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 24.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 188 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26.70 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.76 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 23.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 288 </td>
   <td style="text-align:right;"> 15.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.04 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 25.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 255 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.71 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 25.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 204 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14.40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.66 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 25.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 224 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.60 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 24.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 188 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 23.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 275 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.01 </td>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 28.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 9.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 216 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 25.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 8.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 197 </td>
   <td style="text-align:right;"> 14.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 10.04 </td>
   <td style="text-align:right;"> 12 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---
# PCA no R